水质逐渐改善的二仁溪，已不再是过去的「黑龙江」，近几年每到冬春候鸟季也可见黑面琵鹭踪迹。台湾湿盟近几天到二仁溪下游做鸟类观察，记录到13只黑琵，也是近几年第2高。湿盟表示，黑琵选择停栖在此，希望引起重视，相关单位能投入更多环境维护及水质改善。

二仁溪与重要支流三爷溪在民国60年代受下游废五金回收与熔炼造成的污染而变色，早期严重污染时溪水墨中带绿，从民国80年代末到90年代初因大力拆除这些违法工厂，并展开整治，经过20多年的努力，水质逐渐改善，下游河段已由重度污染改善为中度污染，下游及出海口以可见鱼虾，也见于民捕鳗苗。

近3、4年来二仁溪下游也可见到黑琵在此觅食，但数量不多。今年春节前后，台南社大环境小组观察到4、5只黑琵，台湾湿盟这几天也在下游记录黑琵数量，最多发现到13只黑琵聚集在下游高滩地，也是近年来数量次高，最多曾发现17只。

台湾湿盟秘书长郑仲杰说，近几年都在二仁溪下游几个高滩地发现黑琵，虽然数量不多，但意义深远，除显示二仁溪栖地环境变好，也希望受到重视，公部门能加大二仁溪环境生态保护的力道，随著水质改善，生物种类及数量更完整，二仁溪未来会更好成为优质亲水环境。

郑仲杰表示，经观察，来二仁溪高滩地觅食的黑琵以短期觅食、休息居多，不像七股沿海的黑琵入冬后数个月停栖，而要吸引黑琵停栖，也要看栖地够不够完整、稳定与安全，来二仁溪停栖的黑琵除了在高滩地处觅食，也会到附近鱼塭，或是北到四鲲鯓、四草，南到茄萣湿地觅食、停栖。在二仁溪看到黑琵，也显示环境有符合需求，这是令人欢喜的。

台湾湿盟志工记录著，「遇上牠们的时间是在艳阳高照的午后，滩地上的鸟儿们看上去很慵懒休息的休息，理毛的理毛，觅食的觅食，滩地上除了黑琵，台南湿地三宝里的另外两宝也出现了，

看著他们高高的蹲姿 应该是边休息也在边警戒著；跟人类的跪姿不同，因为构造的关系，牠们的脚丫是呈现往前的L型，画面看起来就十分逗趣。」

「二仁溪这条河川 背负著许多过往的故事，也许过去有许多负面形象， 但也是当时时空背景所导致，我们也经常拿著二仁溪的例子，分享给许多大小朋友，让大家知道环境的破坏可以很短的时间造成，但要恢复却不是那么容易，环境有它的恢复力只是最终不一定恢复成原来样貌，并且需要给它充足的条件、充足的时间，期望这条河川的生命力仍能生生不息，不断延续。」