《维护国家安全条例草案》指出，除《香港国安法》第47条外，行政长官亦可就某行为或事宜是否涉及国家安全，或某材料是否涉及国家秘密的认定问题，发出证明书。

行政长官亦可向特区政府的任何公务人员发布行政指令，包括落实中央政府就维护国家安全发出的指令、维护国家安全工作、行政长官认为有利于维护国家安全的其他事宜，任何公务员须为维护国家安全的工作，提供一切所需协助。

另外，条例草案亦修订多条成文法则，包括在《官方机密条例》中，废除「总督」、「英皇香港」等字眼，以「行政长官」、「特区」等取代；其余部分条例中例如「煽动或对国家或君主犯罪」同样被废除，以「或任何危害国家安全的罪行」取代。