国防部长邱国正有两个小孩，女儿邱子云，儿子邱晃年。邱晃年追随父亲脚步加入国军，但军旅生涯长期在情报单位发展，在此次被指召妓事件之前，几乎没有照片流传在外。媒体所知关于他的故事，也多与父亲相关。邱晃年近年几次被人爆料，外界多半认为是为了打击其父。

2014年，时任马政府国防部副部长的邱国正，出席美台国防工业会议。会中他强调潜舰对台海防卫的重要，我方已下定决心，美方不卖也要自制。他在会中也被问到，如果中共发动战争，台湾有没有抗敌的决心？他回答，1999年自己在美国就读陆军战争学院时，就被同学问过同样问题。他则以1996年台海飞弹危机的往事回答，当时邱晃年念国中，同学要他回家问爸爸，到底会不会打仗？邱国正告诉儿子，军人为了国家与人民，绝不怕牺牲生命，「如果真的开战，你只会面临两种状况，一是欢迎我凯旋，二是到战场寻找我的遗体。」说完这句话，父子两人都掉了眼泪。现场有人问，多少人有同样想法？邱强调，「不在少数，大多数。」

邱晃年与父亲一样，成为陆军装甲兵军官，2011年考入军情局。他在军情局期间，曾以化名到土耳其留学，身分却遭外泄，军情局为免邱晃年被中共或其他方面扣留作为人质，紧急将其由土耳其撤回台湾。至今对岸网站仍可看到文章宣称，「台湾军头之子差点被大陆活捉」。2014年，邱晃年转调至国安局。

2019年7月，总统府爆发特勤私烟案，邱国正被蔡英文总统任命为国安局长，一上任就放话将下重手用力整顿。不久政坛出现耳语，除了重提邱晃年在土耳其失风事件，也说他得以转入待遇更佳的国安局，是因为邱国正拜托当时局长李翔宙与军情局长刘德良「照顾」所致。

对此，邱国正曾接受记者访问，表示看到儿子因他被卷入官场黑函，觉得相当遗憾。邱国正强调，自己决定接国安局长，根本不曾告诉儿子，接任后也没特别联络。7月28日宣誓就任那天，他忍不住往台下看，想知道儿子在不在台下，但是没有看到人。当天中午在局内餐厅才见到邱晃年，儿子告诉他，因为考虑到身分，所以没有出席新任局长宣誓典礼。