屏东恒春半岛洋葱产业近年受农村老化缺工、原物料成本上涨和冬季气候异常等因素影响，栽植面积跌至近半纪来新低，官方虽以机械化、产地标章、保证收购等强化体质，但葱农直指最头痛的是病害造成歉收；高雄区农业改良场说，病害多是透过土壤传播，同块田区病菌连年积累，一遇下雨天热便好发，轮作水稻、改良土壤或更换砂质土壤是解方。

在恒春种洋葱半世纪的谢信惠说，洋葱病害一直存在，但过去较少发生，近年受极端气候影响，洋葱在冬季成长期常遇上异常气候，大雨后加上高温曝晒，导致炭疽病、黑腐病、紫斑病、黄萎病等病害齐发，农民事前不管怎么做好田间管理，听取专家建议用药，但都无法解决，有时减产近半，卖价虽因量少价扬，葱农却面临无葱可卖的窘境。

车城农会总干事林茂盛说，高雄农改场家发现当地洋葱田连年种植同一种作物，土壤中已累积大量洋葱的病原菌，如疫病、炭疽病、紫斑病等，加上土壤性质多为黏质性土质，本就容易滋生病原菌，在农历过年前后的成长期，常遇到不稳定的晴雨天，导致病原菌快速成长，且恒春半岛的落山风，易使叶片受到物理性伤害，抵抗力降低造成歉收。

高雄农改场指出，洋葱病害不断发生在于病菌是透过土壤传播，3大病害黄萎病、炭疽病及细菌性软腐病，危害最久的黄萎病是真菌性病害，恒春早年爆发一次，后续用赛普护汰宁才防治，但药剂无法完全根治，农药只能接触土表，造成黄萎病镰刀菌仍潜伏地下；建议可在采收后接著种植其他作物，洋葱是旱作，接著种植水稻，水旱轮作下，土壤中病菌密度便能降低。

农粮署南区分署说，药剂对洋葱病害的防治效果有限，恒春地区的田区没有重划，彼此灌溉水道相连，病菌才会传开，就实务面来说，将土壤全面改良是大工程，建议农民休耕时将田区灌水，翻耕时地尽量整平，水旱轮作较能有效降低病菌密度，鼓励休耕时间改种植水稻，或是在绿肥植物翻耕前将田区灌水。谢信惠说，恒春洋葱采收完在4月，种植水稻管理挑战高，农民多倾向种绿肥作物、领取休耕补助，对轮作水稻兴趣缺缺。