台南市竹溪是市区唯一露天溪流，流经南山公墓再汇流成日新溪从四鲲鯓出海，为改善整条河川污染，已完成第1期整治，第2期整治经费4.6亿元已核定，正进入招标作业阶段，接著已提出第3期4.5亿元整治经费。水利局表示，为加速改善日新溪污染，将设截流站，引水至虎尾寮水资中心处理后放流，彻底改善河川水质。

市议员林美燕表示，期待水利局的竹溪与日新溪污染改善计划，但日新溪溪底污泥积存已久，即使未来水质改善，但污泥若不清，水质改善成效还是会大打折扣，未来也应把清淤列入，才能竟其功。邱忠川表示，会逐步清日新溪的淤泥，但私人地部分暂无法清理，须等征收后才能清淤。

竹溪流经体育公园段在第1期整治完工后，每天6万吨的民生废水约有2.5万吨截流至水质净化场处理后再放流，但仍有约3.5万吨没处理，竹溪的水质仍未完全改善，因此市府续争取第2期整治经费，在竹溪桥处旁设置净水场，处理另3.5万吨废水，彻底改善水质。

第2期经费4.6亿去年底就获核定，但因南市飞靶射击场迁移问题卡关而延后，最近已敲定射击场将在8月暂迁往柳营，而关庙的射击场也将展开兴建作业，让整治工程得以进行，目前已进入招标作业阶段。

水利局长邱忠川说，河川水质改善是市长黄伟哲首要政策之一，已提案向水利署、环境部争取4.58亿元，规画日新溪污染整治，还未争取到之前，污染改善没放松，将先在日新溪设截流站，引水到虎尾寮水资源处理中心，处理后放流，同时改善日新溪与三爷溪污染。

台南社大研究员晁瑞光说，竹溪过了金汤桥后流入南山公墓，接著汇流生活排水成为日新溪，南山公墓生态丰富，也是台南机车与市区间的缓冲带，水质改善将有加分作用；也希望日新溪出海口周遭鱼塭、凹地减少开发，发挥蓄洪作用，因应温室效应下的急遽气候。