卫福部发放护理人员夜班津贴，争议不少，不只有医院把夜班奖金分给白班同事，更传出加码奖励金卡在中央政府。台湾社区医院协会理事长朱益宏表示，加码夜班费尚未入帐，据了解，目前问题是健保基金运用办法公告卡关，因为主计总处认为不应该用公务预算拨补。

原先卫福部依不同医院层级给予不同的夜班奖励，其中地区医院大夜班奖励为600元、小夜班400元，与医学中心大夜班奖励为1000元、小夜班600元，相差甚多。经过协会争取行政院加码奖励，医学中心不变；地区医院变成大夜班900元、小夜班500元，但目前白班仍未全面祭出奖励。

朱益宏指出，加码前的奖励金已经入帐，但加码后的奖励金还没有入帐。他曾询问卫福部长薛瑞元，得到回应是因为要等「全民健康保险基金收支保管及运用办法」公告通过后才有预算可以支应。据了解，行政院迟迟没有公告的原因，是主计总处认为不应该用公务预算拨补奖励金，因此出现问题。他呼吁，希望在新内阁上任前赶快通过，否则担心改朝换代下，政策承诺又会生变。

恩桦医院副院长吴淑芬指出，当初行政院挂保证会出奖励金，因此地区医院大多已经以新标准代垫奖金发放，若是主计总处再不放行，「我可能要跟院长下跪了」，费用都已经代垫下去了。

另外，台湾社区医院协会也批「医疗巨兽与他们的产地，正是行政部门的长久放任与纵容」。自1995年健保实施至2024年底止，地区医院家数仅剩359家，期间有高达209家地区医院不敌洪流而熄灯；然而，医学中心却从原有13家倍数成长至25家，且在今年2月时又再增3家。卫生福利部在「建构敏捷韧性医疗照护体系计划」中坦言，我国整体急性病床数较OECD国家多，但占床率偏低，病床多集中于大型医院，不利民众在地化医疗或社区化医疗发展。