总统当选人赖清德的新内阁名单陆续出炉，至于谁将担任未来的司法院院长，有媒体报导指出，传赖政府属意现任驻日代表谢长廷，是新政府的口袋人选之一。尽管如此，综观谢长廷担任驻日代表近8年的表现，期间大小争议不断，更一度被批评是「助日代表」。

2016年，谢长廷接任驻日代表时，正逢台日渔业争端再起之际。台湾屏东琉球籍渔船「东圣吉16号」于4月25日行经冲之鸟岛海域时，遭日本公务船扣押；日方认为该船闯进经济海域捕鱼，要求台湾缴交约新台币170万元作为保证金，才肯放人，最后船长家属不得不从命缴钱赎回人和船，引爆国内舆论争议。

当时，谢长廷先是在「日本经济新闻」专访中针对钓鱼台问题表示，台日渔业权益的问题已经大致解决，认为台日应该不会因为主权问题而使双方的关系恶化，随即引来批评。

正当海巡署派舰前往当地海域保护渔民，海军拉法叶舰也出动巡弋，展示护渔决心时，谢长廷却表态说，不赞成用军舰解决，强调军舰就是不惜战争，而日本跟美国之间签有「美日安保条约」，如果放生战争等于跟美国宣战。此言论普遍被外界认为是对日态度过软，被解读成「军舰护渔就是对美国宣战」

2016年11月，蔡政府有意解禁日本核灾区福岛外4县的食品进口。面对国内忧心食安，谢长廷却在脸书上发文表示，有人宣称，福岛等5县的食品日本人不敢吃、日本市场不能卖，所以硬要出口到台湾，这样的说法颇有煽动力，但不是事实，他办公室附近的超市就有贩售福岛产的青菜，并随文附上日本超市的照片，当中是标示「福岛县产」的花椰菜。

谢长廷直言说，日本人对自己的健康比我们更重视，管理也更严格，不可能有检验不合格的危险的食物还能在超市贩售。立场可说是力挺日本。

2018年8月，全国首座慰安妇铜像落成，不过谢长廷却主动在脸书上以中文和日文发文感叹，指台湾内部的「中国政党」扩大台日矛盾，在台南主导设置慰安妇铜像、发起禁止日本东北食物进口台湾的公民投票，作用在破坏台日关系，不言可谕。此话随即引来外界批评，质疑他究竟是驻日代表还是日本代表？更有人直接批评是他是汉奸。

2018年9月，燕子台风侵袭日本，各国数千旅客受困关西机场，台湾驻日单位也因为因应作为不够积极遭到批评。据了解，大阪办事处处长苏启诚为此遭到严厉批评，并被上级要求写检讨报告，因不堪受辱而轻生。

外交部前部长欧鸿炼曾上节目痛批，是驻日代表谢长廷「逼死了这个苏启诚。」有网友也在节目网页下方留下「恶劣的谢代表」等负面评论。

曾是谢长廷竞选时网路执行长的「卡神」杨蕙如，当时利用网军污蔑驻大阪办事处，被认为是间接造成苏启诚轻生的原因之一，杨蕙如，与网军蔡福明皆被检方起诉侮辱公署罪。最终，台湾高等法院将她依法判刑5月，不过杨蕙如不服，后来又声请释宪。

2020年，钓鱼台争议再起，日本冲绳石垣市议会通过将钓鱼台列屿的所在行政区名，从「登野城」变更为「登野城尖阁」，我国外交部对此则强调，钓鱼台列屿主权属于我国，但谢长廷却发文说，「1971年6月，美国宣布把钓鱼台列屿和琉球交与日本管领。并于一年后的5月15日执行，从此日本有了事实管领权。这是历史的一页，但有没有人可以告诉我，当时中华民国政府做了什么抗议？」有网友即在留言区反问：「请问您是那一国的驻日代表？」

而谢长廷也经常让蔡政府为难，包括2020年，停靠在日本横滨港的钻石公主号邮轮上的船客深陷新冠肺炎疫情，谢长廷不顾中央疫情中心，在脸书上表示，已询问邮轮钻石公主号上的每位台湾乘客的意愿，他们对于政府有意派包机接回一事表示感谢，但希望低调回台，且回台湾不必再隔离。

另外，2021年，中国大陆祭出凤梨禁令，政府拟转向开辟日本市场，谢长廷却在脸书上公开说，这么直接要求日本购买，多少是卖人情，价钱不易高，数量不会多。时任农委会主委陈吉仲也不得不对外澄清说，台湾凤梨外销到日本市场，近年来大幅成长，是因为日本消费者喜欢台湾国内农产品。

而日本政府去年8月正式启动福岛电厂核污水排海作业，引发中国大陆强烈不满。值此之际，谢长廷在脸书发文表示，311地震后，世人对放射性的议题有些敏感，「其实微量的放射性元素反而对身体有益」，例如北投温泉、日本玉川温泉，同样引起国内舆论哗然。