0403花莲地震对当地原住民族教会也造成严重损坏，影响族人心灵信仰的场域。原民会表示，日前由行政院副院长郑文灿主持「113年0403花莲地震灾后复原重建工作所需经费来源」研商会议，会中决议将花莲县原住民族教会的地震复原重建需求，纳入赈灾基金会赈助范畴，协助教会重建及修缮。

经原民会统计，花莲县境内有不少教会及玉山神学院建筑物梁柱损坏、墙面地板严重坍塌等灾损。原民会主委夷将，拔路儿在会议中建议将花莲县原住民族教会的地震复原重建需求纳入赈灾基金会，这是对原住民族语言文化及心灵信仰中心重建最大的支持。

原民会表示，未来会将教会毁损调查结果，尽速转请内政部国土署协调专业评估机构，依据建物受灾状况进行判定，以利后续给予协助，原民会也会给予教会必要的支援。