根本的原因，不在于线路紧张、缺钱，也不是标准不统一（为什么不统一？），而在于铁路系统自诞生起就是国中之国，在地方的对立面。

铁路系统的诞生过程都是可查的历史，我们不再赘述。仅从并不为所有人所知的结果上看，铁路系统有自己的教育系统，有子弟中专、子弟中学；有自己的医疗系统，有铁路医保、定点医院；有自己的公检法，一般人只知道列车上的乘警，却不知道铁路公安实行垂管，管辖范围不仅包括乘客看得见的列车和车站，还同时包括乘客看不见的车辆段、机务段、各种工区，还包括铁路工厂、铁路家属区和前面提到的铁路学校，更不要说铁路检察院与铁路法院。

所以，铁路系统虽然在城市里占地建设，但实际管辖与地方分离，双方划界而治、泾渭分明。直白地说，在一些具体事务上与地方的关系是天然对立。特别是在铁道部时代，这样的关系甚至有些类似军地关系。直到今天，为了避免将来实施城市建设遇到不必要的麻烦、为了将来少和铁路系统打交道，地方也要抢在一些铁路建成移交、投入使用前，把一些将来可能穿越、跨越或临近铁路的工程先做好预留工程。

铁路系统也并非不了解现实有通勤的需求，在系统内部就会专门开行供职工通勤的列车。但是，如果把范围扩大到城市城区与工矿区之间的通勤、甚至是今天城市内部网状通勤模式，就势必要重新划定铁路系统与地方管辖区域的分界线。谈到改变边界问题，在不同时期，铁路系统与地方，总有一方不是那么愿意。

在市场经济还不是那么盛行的时候，铁路系统自视甚高，地方则是在经济、文化各方面相对落后的。实际上铁路系统并不愿意与地方多打交道、多有交集，甚至单靠一个货车车皮指标就能保持在地方面前的超然地位，多少地方可是求着能多点车皮呢！到了市场经济盛行的年代，各类车站附近土地都在升值，尝多了卖地甜头的地方当然不肯放手土地这块肥肉，何况此时城市轨道交通已经铺开建设，建立了一套标准系统，各地的城市轨道交通也大多都由地方国资委出资建立地铁公司管理。作为地方的亲生孩子，后来地铁公司也取得了不少沿线土地进行开发。所以这个时候，尽管国铁系统同样看到这方面的巨大利益，事实上已经无从置喙了。

所以，中国的国铁与城市轨道交通可谓是泾渭分明，虽然都是1435标准轨，但互不联通、互不隶属，也各自去制定相应技术标准。这一切的关键就在于从初始阶段，双方在行政与用地上就已经划清了界限。有因才有果，国铁系统不考虑通勤只是众多结果中的一个。

这样的情况，从好的一面说，当然是有利于必然要跨越不同行政区域的铁路能够快速规划建设、避免地方过多干扰，但副作用就是造成了不少城市被铁路粗暴穿越形成明显割裂，也造成过去大量建设的铁路客站单纯作为纯粹的客运站，少有考虑综合开发，浪费了地段资源的问题。至于国铁系统只照顾本系统职工通勤需求、不顾驻地城市铁路系统外职工通勤需求，倒显得是个小问题了。不仅如此，就广义上的铁路而言，国内相比国外比较明显的差异或者令普通人感到困惑的点，也往往都能够从国铁与地方“划清界限”这方面找到原因。

现在在做综合开发的新建大型铁路客运站，除了纯粹的客站外，其综合服务功能区域的土地归属依然不在国铁系统，而在地方的亲生孩子那里——各类名义的投资平台或地铁公司。所以，表面上看现在的大型客站终于是浪子回头知道要做综合开发，实质上是地方严丝合缝地围着国铁的客运站做了一些配套工程，双方管辖界线依然泾渭分明。

一些回答讲到过去国铁与地方有合作的希望或苗头，但因种种原因没有促成，其实这些“种种原因”只是表面因素，没有它们这些合作也会无果而终。因为在最关键的“划清界限”与“用地归属”问题上，从诞生时就作为国中之国的铁路系统与地方必然存在着天然的不可调和的利益冲突，至多只能在不涉及更改界线与土地归属问题的情况下进行小范围动作。由于绝大部分铁路线位不会再更改，即使铁道部已经消失在历史中，这种冲突依然会惯性地存在相当长的时间。