台积电落脚南科嘉义园区，但因自来水供水有限，环评要求使用再生水，扩大县治污水处理厂旁将新设再生水厂，预计今年底完成招商，明年动工，2029年第一期完工后，每天可产6500公吨再生水，全供嘉科使用；但地方忧开挖管线影响交通，县府回应，将避开交通要道。

议员赖琼如说，再生水厂兴建后还需接管至南科嘉义园区，忧心管线开挖期间影响交通，建议在较少住宅区域施工；另地方也担心再生水管埋在地底，若有破损会难以发现污染源，但经工程单位解释，再生水比自然水还干净，应不用担心污染问题。

水利处表示，过去污水处理厂的水比照迳流水标准排放，将在污水处理厂旁新建再生水厂，让污水重复使用，再生水厂占地面积约0.8公顷，预计今年底招商，2025至2028年施工，第1期工程2029年完工，每天可产6500公吨再生水，将全数供应南科嘉义园区。

水利处表示，接管工程会尽量避开交通要道，降低交通冲击，管线路径包括祥和三路东段、太保五路、博学路、故宫大道、故宫东路，输水管线全长5公里，地势起伏约3.5至5公尺；未来随著高铁特定区发展、污水量增多，最高可有1万6900公吨处理量。

嘉义扩大县治污水处理厂集水地区涵括县治都计区、扩大县治都计区、高铁特定区、太保都计区、计划区外后庒、春珠、梅埔社区。目前每天共有4500公吨污水，预估2037年随著高铁特定区发展，污水量将达每天1万2050公吨，2044年更达每天1万6116公吨。