海军将建造6座向美采购的岸置鱼叉飞弹阵地，其中在屏东县原民牡丹乡九鹏基地内的阵地工程，依原住民基本法规定，要在周边3部落召开部落咨商同意会，但会前会只开了一场，在法令程序未完备下就施工，引爆部落居民怒火，要求军方停工并道歉，在原住民立委伍丽华协调下，海军司令部参谋长邱俊荣南下向地方致歉，允诺停工并补正程序。

原住民基本法第21条第1项规定，政府或私人于原住民族土地或部落及其周边一定范围内之公有土地从事土地开发、资源利用、生态保育及学术研究，应咨商并取得原住民族或部落同意或参与，原住民得分享相关利益；牡丹乡公所说，依该规定订定的「咨商取得原住民族部落同意参与办法」附件，包括军事营区、飞弹试射场、靶场的兴建或扩建，目的是检视对当地原住民族居住、生活和生态环境有无不良影响。

牡丹乡公所说，中科院九鹏基地在牡丹乡境，是原基法第21条第1项「原住民族土地或部落及其周边一定范围内之公有土地」，海军司令部在基地内新建工程时，依法先要在周边牡丹、旭海和高士3部落召开部落咨商同意会，但去年在旭海部落召开一场会前说明会后，就再也没有动静，却在今年2月27日迳行施工，有规避法令之嫌，但无罚责。

旭海部落会议主席潘勋鹤说，族人在会前会上都表达全力支持国防建设，军方却在尚未取得咨商同意、法令程序未完备下就施工，有被欺骗、漠视的愤怒感；乡代会主席洪亚男和副主席潘呈清说，军方明显规避原住民基本法规定，不尊重受族人权益，要求公开道歉并停工。

伍丽华16日南下牡丹乡公所召开协调会，要求海军确实执行原住民族咨商同意程序，在未完成获得同意前，不能迳自动工，并向乡公所函文说明；海军司令部参谋长邱俊荣表示海军绝对尊重原基法，对未执行部落咨商同意表达歉意，强调后续会配合相关的法定咨商同意程序，执行停工并立即补正法定程序。

牡丹乡长潘壮志说，海军司令部有提出阵地工程补偿，但3部落均认为没有必要，部落要的不是钱，是对部落的尊重及法定责任，另海军在九鹏基地新设营区，依国防部睦邻工作要点，是由各军种和单位自行办理，不能和中科院以经费分摊方式办理；该案是海军司令部不遵守国家法律、不尊重部落在先，不要抹黑地方「不支持国防或贪图睦邻回馈金」。