教育部设有检核指标，但近期要求大学不得「跨部、跨学制、跨系科或跨年级合并授课」，被认为欲规范行之有年的硕博班合开课程，引发大学不满。教育团体指出，近年部分学校确实有不当合并授课的问题，但何为「不当」样态教育部应说清楚，才不致矫枉过正。

暨南大学校长武东星表示，教育部规范的初衷，应是希望学系既然创设博士班就要有一定开课量，保障每个学制受教权，只是过去大学都以尊重教师作法为前提，开课历来都是老师说了算，才发现很多博班课程多开在硕班，因此要求合理分配。

但根据监察院调查报告，如已退场的台湾观光学院过去确实发生不当合并授课的问题，该校将观光餐旅系五专二年级「观光英文与会话（一）」与三年级「观光英文与会话（三）」合并，皆由某专案助理教授于周二同时段授课。

高教工会组织部主任林柏仪指出，部分学校曾发生不当合并授课的问题，如学校让大一到大四生一起修读一堂必修课，显然是为省成本而非基于教育专业判断，但硕博合开确实是大学常见状况，合规的硕博合开课程应另外提出给予核准。

私校工会副理事长尤荣辉则表示，合并授课有多种样态，何为「不当」不能一概而论。又研究所硕博班合开课行之有年，教育部若强行规定不得合并开课恐造成困扰，建议教育部查核不当合并授课，应更仔细分别何为「不当合并」，才不致矫枉过正引发争议。

教育部则表示，于今年三月办理宣导说明会，依查核指标逐项说明办理注意事项，说明面向含括外国学生招生作业、课程规划与实施、生活与课业辅导等，让学校能自行检视校内办理情形并优化改善，以维护学生受教权益。