0403花莲大地震迄今余震数达1349次，据中央气象署地震测报中心统计，其中规模5至6共64次，规模6以上共5次，玉山国家公园表示，目前山区余震不断，再加上下雨影响，增加步道落石、坍方，呼吁山友不要上山。

高山医学专家王士豪在脸书「Work now ＠王士豪医师」指出，4月30日傍晚在花莲县万荣乡发生规模4.4浅层地震后，最不想看见的情况，就是震央在中央山脉的地震，认为台湾最近的地壳环境非常的不稳定，「是我的话，今年就不会去登玉山在内的台湾高山。」

玉山国家公园指出，今年4月3日花莲大地震后截至5月2日止，已有1349个地震，4月22及23日的282次余震更是频繁发生，地震会造成山区土石松动或甚崩落，中央气象署自4月24起至昨天，又接连有锋面带来短延时强降雨，影响时间长达数日，强调山域环境势必处于容易落石或坍塌的状态，强烈建议山友短期内如非必要，建议暂缓前往山域活动。

玉管处副处长邦卡儿．海放南表示，对于外界建议花莲大地震后应考量山友安全，应暂时取消登山活动，目前玉管处已和登山协会、团体讨论沟通，但大部分意见认为，考量到玉山国家公园山域受损情形，不像太鲁阁国家公园那么严重，且登山原本就是户外冒险活动，山友原本就要考量自身体能、天候、地形等因素，因此在行政院山林开放政策下，还是维持开放登山。

目前玉山国家公园内，各步道系统除抱崖吊桥受地震影响安全性具不确定因素，直接影响新康横断山线及八通关越岭线将暂停开放，未来会同技师勘查安全性后安排后续研商办理，其余玉山群峰步道、南二段步道、马博拉斯横断步道、南横三山及关山步道等，受损情形不太严重，目前维持开放。