嘉义阿里山林铁小火车定7月6日全线通车，上午市长黄敏惠、林铁文资处长黄妙修，在北门车站焚香祭拜天后宫天上圣母、北门上帝庙玄天上帝，祈求通车平安，恭送法师陪同神尊祈福团队，搭小火车沿途车站巡行祈福；林铁通车14来发生2件重大伤亡事故，行政院补助前瞻30多亿元，由林铁文资处执行沿线车站优化及铁道改善提升作为，全线通车前完成车站优化及铁道安全提升。

阿里山林铁安全提升计划从2019年执行到2024年，以「路线结构及边坡安全改善与监测」、「车辆购置」，以及「车站及设施改建整修」3案，提升设施及设备安全。计划效益包括改善路线结构、维护边坡稳定，办理路况监测，购置新式机车及车厢，改善车站空间及周边环境，全面提升行车安全及旅运品质。

阿里山林铁在林业保育署改制前的林务局营运时代，发生2件重大行车事故，2003年3月1日下午2点，事故列车由沼平车站开往神木车站，行经神木站前铁桥时，因检车人员未将连结机车和客车车厢之间，贯通煞车系统「角旋塞」打开，导致煞车失灵，以致下坡时车速过快，车厢撞上山壁，第二、三节车厢被卡在桥旁突出山壁上，第四节车厢掉落约5公尺深的溪底，事故造成17人死亡、205人轻重伤，总计伤亡222人。是阿里山林业铁路通车以来最惨重事故。

2011年4月27日第111车次，中午12点17分由神木站开往阿里山车站途中70k+250处，因距离铁路8.5公尺的大型天然生阔叶树枝干撕裂，撞击火车车厢，致4节翻覆，其中第5、6节滑落桥下约5公尺深，行政院成立中央灾害应变中心，派直升机、人力救护，到下午6点30分止，统计5人罹难、中度受伤40人、重伤42人，轻伤2人，总计伤亡89人。