国发基金多次遭立委批评投资绩效不彰，甚至频传「踩雷」，投资公司陆续爆出纠纷、甚至法律问题。而国发基金在投资企业仅有少数席次，更被质疑根本无法发挥监督功能，还成为了政府做政商关系的工具，很多投资根本是给了钱后就撒手不管。