花莲地震发生后，日本气象厅一度对日本冲绳县发布海啸警报，冲绳基地内的陆海空自卫队纷纷采取相应避难作为，包括将F-15战机拖往高处及将直升机飞往海拔较高的那霸驻屯地等。

日本放送协会（NHK）报导，日本2011年发生311大地震时，位于宫城县的航空自卫队松岛基地遭受海啸侵袭，造成18架F-2战机泡水，其中5架最终无法修复被迫报废等严重灾情，因此，陆海空自卫队针对这次的海啸警报基本上都采取适当因应作为。

4月3日花莲地震发生后，冲绳县被发布海啸警报，当时预想海啸将在地震发生后约一小时抵达冲绳县。

防卫省表示，面海的自卫队那霸基地平日部署了F-15战机约40架及反潜巡逻机等，当天根据发布海啸警报时的准则采取相应作为。

其中航空自卫队利用车辆将约10架F-15战机拖往高处，停放在基地内的道路上。虽然据称在海啸到达时间前已完成机体避难，但有关其他机体的因应方式因涉及运作细节所以未获回答。

另外，海上自卫队将P-3C反潜巡逻机存放至机库内，并采取避免遭海啸卷走的因应措施；陆上自卫队则将停放在那霸基地内的UH-60黑鹰直升机及CH-47直升机等，暂时飞往海拔较高的那霸驻屯地避难。