嘉义市铁路高架化工程期间遇到千年前人骨、转车盘等历史遗构，外界担心进度；铁道局中部工程分局长刘云生表示，铁路高架之前挖到人骨，提取后已送到市府指定的地方保存，对铁路高架工程已经没有影响。但转车盘文物今年市府列为文物保存，嘉义车站相关设计规画要再做调整，影响程度还要做进一步细算。

嘉义市铁路高架化工程于2021年2月意外在嘉北车站往南、铁轨西侧发现「台斗坑疑似遗址」，铁道局委托考古团队展开调查，持续开挖发现13处人骨，出土5具先人骨骸，由史前文化博物馆南科考古馆研究调查，这是距今2500至2700年前，最早嘉义人骨骸出土，预计最快2026年考古成果报告完成。

分局长刘云生表示，铁路高架部分之前因挖到人骨，经市府文化局现勘、挖掘，距今约有2千年的人骨历史，提取后会送到市府指定的地方保存，这部分是属于桥梁段，已慢慢排除，对铁路高架工程已经没有影响。

刘云生说，在车站部分因为去年工程遇到转车盘文物，在今年2月底嘉义市政府召集专家学者讨论后，将它列为历史古迹，使得嘉义车站相关设计规画要做调整，评估势必会对进度造成影响，详细影响程度还要做进一步细算、与市府相关单位协调后确定。

铁道局表示，去年承揽铁路高架工程的根基营造在嘉义车站北端296K+300～296K+400处发现不明构造物，中部工程处、嘉义市政府文化局现勘，判断遗构应是1902年打狗驿至嘉义驿通车，嘉义为终点站，当时的折返设施，与根基于台南车站C212标工程所发现的南转车台相似，都是属于在「1908年10月22日台湾铁路纵贯线基隆-打狗通车前」设施，是台湾现存最早的第一代转车台遗构。