新任行政院长已确定由前副总统陈建仁出任。由于陈建仁具备中研院特聘研究员身分，外界关注其中研院职务去留？对此，中研院表示，已核准陈建仁借调至政府机关服务，期间应办理留职停薪，并在借调机关支薪，中研院将依规定完成相关行政程序后，函复总统府。

陈建仁从副总统卸任后，重回中研院出任特聘研究员，外传月薪49万元，由于陈建仁将就任行政院院长，其特聘研究员身份去留也引起外界关注。

对此，中研院人事室表示，陈建仁院士现为本院基因体研究中心特聘研究员， 总统府已于112年1月27日来函借调陈院士担任行政院院长，依中研院规定，研究人员经所属单位所务会议或中心业务会议通过，并经核准，得借调至政府机关服务；借调期间应办理留职停薪，并在借调机关支薪。中研院将依规定完成借调程序后，函复总统府。